Për një periudhë disavjeçare pranë Institutit të Lartë Pedagogjik në Shkodër ka funksionuar Filiali i Fakultetit të Ekonomisë së Universitetit të Tiranës. Ndërkaq, Instituti i Lartë Pedagogjik i Shkodrës u shndërrua në Universitet më 28 Maj 1991. Dy vite më vonë, me  Vendim  nr. 349, datë 10.8.1992  të  MASH, pranë këtij universiteti u hap Fakulteti Ekonomik, në Shtator të vitit 1993

Deri në vitin 2000, Fakulteti ka pasur vetëm një degë, atë të Administrim - Biznesit. Ky departament e ka zanafillën si njësi mësimore në përbërjen  e  Fakultetit  të  Shkencave  të Natyrës të  këtij  Universiteti.  Me Vendimin e Këshillit të Ministrave nr.332. date 13.05.1996 Fakulteti i Ekonomisë fitoi statusin e Fakultetit të pavarur brenda Universitetit te Shkodrës. Në vitin 2000, nga Ministria e Arsimit dhe Shkencës u miratua hapja e degës Financë-Kontabilitet dhe nё vitin 2001 ajo e   Marketing-Turizmit. Dega  e  Turizmit  implementoi  për  herë  të  parë  ne  Fakultetin  Ekonomik sistemin sipas Deklaratës së Bolonjës, që në vitin akademik 2005- 2006 me mbështetjen e Konferencës së Rektorëve Gjermanë.

Në vitin akademik 2008 -2009 të tre degët e Fakultetit Ekonomik kanë filluar procesin  mësimor  në  ciklin  e  parë  të  studimeve,  sipas  Deklaratës  së Bolonjës, në sistemin 3- vjeçar. Ndërkohë, në vitin akademik 2009- 2010, në Fakultetin Ekonomik u hap për herë të parë cikli i dytë i studimeve me Masterin Shkencor në Turizëm të Qëndrueshëm. Ndërsa në vitin 2011 u hapën programet e Masterit Shkencor në specialitetet e Administrim-Biznesit, Financës dhe Kontabilitetit.

Në vazhdim, në vitin akademik 2012 – 2013, u hapën tri programe të reja studimi Master Profesional, përkatësisht në, Trashëgimi Kulturore dhe Menaxhim Turizmi, në Administrim-Biznes dhe në Financë-Bankë. Së fundmi, në vitin akademik 2018-2019, është hapur programi i studimit Master Profesional në Menaxhim Financiar, Kontabilitet dhe Kontroll në Administratën Publike, në kuadrin e projektit FINAC, i financuar dhe mbështetur nga fondet e Bashkimit Evropian.

Fakulteti i Ekonomisë është instaluar dhe zhvillon veprimtarinë mësimore e shkencore në një trevë me tradita të spikatura në fushën e arsimit, të historisë, të kulturës si dhe në atë të biznesit. Qyteti i Shkodrës si një pikë e rëndësishme referimi për të gjitha trevat shqiptare në Veri të Shqipërisë dhe me një traditë mijëra vjeçare në tregti, zejtari dhe mikpritje, përbën një terren mjaft të mirë pune për zhvillimin e aktiviteteve mësimore e kërkimore të Fakultetit Ekonomik. Fakulteti i Ekonomisë renditet ndër gjashtë fakultetet përbërëse të Universitetit të Shkodrës “Luigj Gurakuqi”. Ai ka tre departamente në përbërje të tij, Departamenti i Administrim-Biznesit (njëkohësisht më i vjetri i këtij fakulteti), Departamenti i Financë-Kontabilitetit dhe ai i Turizmit.